しかし、耐水性が高いがゆえに、もし上から塗装をすると塗料に含まれる水分すら弾いてしまうという弱点もあります。このことを知らずに外壁の目地へこのシリコーンコーキングを使用してしまう人もいますが、塗り替えの際に塗膜剥離の原因となりますので、塗装を行う外壁には使用をしないでください。

また、シリコーンと似た名称の変成シリコーンというものもありますが、通常のシリコーンとは性能や用途が異なります。シリコーンが内装の水回りに使用するのに対して、変成シリコーンは外装の屋根・外壁用として使用されます。従来は、コーキングに含まれる可塑剤などの成分が表面に滲み出て、塗装を汚染し色を変えてしまうということもありましたが、最近ではノンブリードタイプという塗装を汚染しにくい製品も普及しており、これらは上から塗装をすることが出来ます。